好氧堆肥過程是有機物在有氧的條件下，利用好氧微生物所分泌的外酶將有機固體廢物分解為溶解性有機物質，再滲入到細胞中。微生物通過代謝活動，把其中一部分有機物氧化成簡單的無機物，為生物生命活動提供所需的能量，另一部分有機物轉化為生物體所必需的營養(yǎng)物質，形成新的細胞體，使微生物不斷增殖。

堆肥反應是利用微生物使有機物分解、穩(wěn)定化的過程，因此微生物在堆肥過程中起著十分重要的作用。堆肥微生物可以來自自然界，也可利用經(jīng)過人工篩選出的特殊菌種進行接種，以提高堆肥反應速度。堆肥微生物主要有細菌、真菌和放線菌等，而在堆肥過程中堆肥微生物的數(shù)量和種群不斷發(fā)生變化。

堆肥過程大致可分以下幾個階段。堆肥初期常溫細菌(或稱中溫菌)分解有機物中易分解的糖類、淀粉和蛋白質等產(chǎn)生能量，使堆層溫度迅速上升，稱為升溫階段。但當溫度超過50℃時，常溫菌受到抑制，活性逐漸降低，呈孢子狀態(tài)或死亡，此時嗜熱性微生物逐漸代替了常溫性微生物的活動。有機物中易分解的有機質除繼續(xù)被分解外，大分子的半纖維素、纖維素等也開始分解，溫度可高達60~70攝氏度，稱為高溫階段。溫度超過70攝氏度時，大多數(shù)嗜熱性微生物已不適宜，微生物大量死亡或進入休眠狀態(tài)，堆肥過程在高溫持續(xù)一段時間后，易分解的或較易分解的有機物已大部分分解，剩下的是難分解的有機物和新形成的腐殖質。此時，微生物活動減弱，產(chǎn)生的熱量減少，溫度逐漸下降，常溫微生物又成為優(yōu)勢菌種，殘余物質進一步分解，堆肥進入降溫和腐熟階段。

現(xiàn)代化的堆肥過程一般是好氧堆肥過程。好氧堆肥工藝由前處理、一次發(fā)酵、二次發(fā)酵、后處理及貯存等工序組成。發(fā)酵過程主要有野積式和發(fā)酵倉式兩大類。發(fā)酵倉又可以有槽式、筒式、立式、臥式等許多形式。

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