苯扎氯銨作殺菌滅藻劑，一般投加劑量為50-100mg/L；作粘泥剝離劑，使用量為200-300mg/L，需要時可投加適量有機硅類消泡劑。可與其它殺菌劑，例如異噻唑啉酮、戊二醛、二硫氰基甲烷等配合使用，可起到增效作用，但不能與氯酚類藥劑共同使用。投加苯扎氯銨后循環(huán)水中因剝離而出現(xiàn)污物，應及時濾除或撈出，以免泡沫消失后沉積。